RmdファイルからR実行部分を抽出
KaggleなどでKernelからRmdファイルをダウンロードしてきて、手元で再現したいときがよくあるかと思います。 そんなときはpurl{knitr}を使用して、R実行スクリプトチャンクを抜き出します。
script.RmdからR実行部分を抜き出してみましょう。
hoge ```{r, cache=TRUE} # dotR script cat("We are hogehoge.") ``` hogehoge
inputにRmdファイルを指定、outputに出力先と出力ファイル名を指定します。
# install.packages("knitr") library(knitr) # purl Rmd ## documentation=0 purl(input="input/script.Rmd", output="output/script0.R", documentation=0) ## documentation=1(default) purl(input="input/script.Rmd", output="output/script1.R", documentation=1) ## documentation=2 purl(input="input/script.Rmd", output="output/script2.R", documentation=2)
実行結果は、option引数ごとにそれぞれ以下のようになります。
# dotR script cat("We are hogehoge.")
## ---- cache=TRUE--------------------------------------------------------- # dotR script cat("We are hogehoge.")
#' hoge ## ---- cache=TRUE--------------------------------------------------------- # dotR script cat("We are hogehoge.") #' hogehoge
これでKernel再現が捗ります。